Tháng 6 năm 2017, Lipinski kết hôn với nhà sản xuất thể thao Todd Kapostasy sau hai năm hẹn hò. Họ gặp nhau lần đầu tại Sports Emmys 2015, khi Lipinski trao tặng giải thưởng cho Kapostasy. Đám cưới ấy, Johnny Weir là phù rể và trong số khách mời có cả Scott Hamilton.[3]

Lipinski bày tỏ đức tin Công giáo với lòng sùng kính Thánh Têrêsa thành Lisieux từ năm 1994. Cô ghi công Thánh Têrêsa phù hộ mình trong chiến thắng Olympic năm 1998 và hồi phục sau ca phẫu thuật hông năm 2000. Trong các kỳ Thế vận hội, cô đã đeo mề đay Thánh Têrêsa do linh mục Vince Kolo từ Pittsburgh trao gửi. Cô đã cảm tạ Thánh Têrêsa tại khu vực kiss and cry bài thi ngắn tại Nagano, còn huấn luyện viên của cô cầm bức tượng nhỏ của Thánh Têrêsa khi Lipinski thực hiện bài thi tự do.[70] Cô cũng đeo dây chuyền đính bùa lấy may do người cậu tặng với dòng chữ "Short, but good" (ngắn nhưng hay).[3] Lipinski cũng đặt tượng Thánh Têrêsa trên bảng trước mỗi lần thi đấu. Vài tháng sau Thế vận hội Nagano, cô dâng tặng huy chương và trang phục mình cho triển lãm. Năm 2001, Lipinski dựng một căn phòng vinh danh Thánh Têrêsa trong khu vui chơi trẻ em tại một bệnh viện ở Detroit. Cô nói rằng hoa hồng, biểu tượng Thánh Têrêsa, "luôn xuất hiện vào những thời điểm tốt nhất và tệ nhất của mình".[70]

Tháng 9 năm 2020, nhằm giúp nâng cao nhận thức về tình trạng sức khỏe, Lipinski cho công khai thông tin chẩn đoán lạc nội mạc tử cung của mình sau khi điều trị bằng phẫu thuật nội soi. Dù triệu chứng không nghiêm trọng nhưng Linpinski bị đau từng cơn gia tăng hơn 5 năm trước khi được chẩn đoán và điều trị. Cô thông báo rằng phẫu thuật thành công, loại bỏ được các mô dính nội mạc và hồi phục "chủ yếu không đau nữa".[71] Cô cho biết việc nâng cao nhận thức về bệnh lạc nội mạc tử cung của vũ công kiêm diễn viên Julianne Hough đã khích lệ mình tìm cách điều trị riêng.[71]